Ο Nabari Shinzo είναι ένας απόγονος των ninja της σχολής Iga και εκπαιδευτής στο dojo Renshin στην πόλη του Edo (παλαιό Tokyo). Μια μέρα αναλαμβάνει από τον ηγεμόνα Tokugawa μία απόλυτα μυστική αποστολή: να ερευνήσει το Arai, έναν μυθικό τόπο θησαυρών, σε μία ανεξερεύνητη περιοχή στην πόλη Kumano. Ο Οίκος των Kishu φαίνεται να έχει καταλάβει κάτι και προσπαθεί να πάρει τον έλεγχο. Οι υποψίες επαληθεύονται και μια σειρά από ανεξήγητα γεγονότα αρχίζουν να συμβαίνουν στο dojo Renshin.