Όταν ο πολυαγαπημένος παππούς του Τζέικ τού αφήνει στοιχεία για ένα μυστήριο που διατρέχει διαφορετικούς κόσμους και εποχές, ο Τζέικ βρίσκει ένα μαγικό μέρος γνωστό ως Μις Πέρεγκριν – Στέγη για Ασυνήθιστα Παιδιά. Αλλά τα μυστήρια και οι κίνδυνοι μεγαλώνουν όταν γνωρίζει τους ενοίκους και μαθαίνει για τις ειδικές τους δυνάμεις… και τους παντοδύναμους εχθρούς τους.